O Laboratório de Microbiologia Molecular da Universidade Feevale, integrante da Rede Corona-ômica BR-MCTI, sequenciou 26 genomas de SARS-CoV-2 de amostras de suabe nasofaríngeo, coletadas entre o final de abril e a metade de junho deste ano, no Rio Grande do Sul.
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Do total de amostras, 20 são provenientes de viajantes que cruzavam a fronteira entre a Argentina e o Estado, na cidade de Uruguaiana, quatro oriundas da Secretaria Municipal da Saúde de Porto Alegre e duas que foram recebidas no próprio laboratório. As amostras foram selecionadas para o sequenciamento de alto desempenho através da plataforma Illumina MiSeq.
O pesquisador Fernando Spilki, pró-reitor de Pesquisa, Pós-graduação e Extensão da Feevale, destaca a importância desse tipo de vigilância contínua da variação genética.
“Quando realizado de forma mais intensa, permite a detecção de novas variantes mesmo logo após seu surgimento, informação que pode ser válida para o combate à pandemia e novos surtos de Covid-19”, explica.
As sequências consenso dos 26 genomas completos, com mais de 98% de cobertura, foram primeiramente submetidas à plataforma Pangolin e caracterizadas como pertencentes à linhagem V.O.I B.1.1.28. No entanto, por tratar-se de uma linhagem pouco detectada, a análise de variant calling foi empregada nos arquivos FASTQ, com o objetivo de avaliar possíveis novas mutações, em menor frequência.
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Como resultado, além das mutações características de B.1.1.28, oito mutações não sinônimas adicionais foram identificadas na ORF1ab, sete em S, duas em N e uma na ORF8. Com base nessas análises, é possível que uma provável nova variante P.X tenha sido detectada, e que sua emergência esteja sendo observada em tempo real.
Estudo é disponibilizado em base de dados nacionais e internacionais
Dentre as mutações adicionais observadas, seis chamaram a atenção devido à frequência total em que apareceram nas amostras e que parecem ser assinaturas da provável nova variante P.X emergente.
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É importante salientar que as mutações características de P.1 e P.2 não foram encontradas em nenhum dos genomas gerados neste estudo.
Foi realizado, também, o alinhamento e a árvore filogenética dos 26 genomas completos, com sequências representativas de outras linhagens, assim como a sequência referência de Wuhan. A filogenia foi feita através da plataforma online IQtree v2.1.2 e mostrou que as sequências claramente agrupam-se em um clado separado das demais, corroborando os resultados anteriores de uma provável nova variante em emergência, mais relacionada à B.1.1.28.
A constante descoberta de novos genomas e possíveis novas linhagens, assim como o monitoramento de novas mutações, são de especial relevância, considerando o impacto causado por outras linhagens como B.1.1.7 (Alpha), B.1.351 (Beta), P.1, e B.1.617.2 (Delta), no Reino Unido, África do Sul, Brasil e Índia, respectivamente.
Todos os dados estão sendo disponibilizados em bases de dados públicos nacionais (Corona-ômica.BR – MCTI) e internacionais (Gisaid), com posterior submissão do trabalho ao periódico científico.
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