Novo sequenciamento mostra grande avanço da variante Delta no RS
Novas amostras de SARS-CoV-2 – 74 no total – foram submetidas ao sequenciamento genômico no Laboratório de Microbiologia Molecular da Universidade Feevale, integrante da Rede Corona-ômica.BR-MCTI.
As amostras, coletadas entre o final de julho e o início de setembro, são de pacientes provenientes de 12 cidades gaúchas: Alvorada (1), Campo Bom (2), Canoas (31), Garibaldi (8), Novo Hamburgo (11), Picada Café (1), Porto Alegre (4), Rio Grande (1), Santa Cruz do Sul (9), São Leopoldo (1), Sapucaia do Sul (2) e Viamão (1).
Também foram analisadas uma amostra de Fraiburgo (Santa Catarina) e uma de Macapá (Amapá).
As amostras foram selecionadas para o sequenciamento de alto desempenho através da plataforma Illumina MiSeq.
Inicialmente, os genomas sequenciados foram analisados através da plataforma on-line Pangolin e caracterizados como pertencentes às linhagens Gamma e Delta.
As frequências correspondentes às linhagens foram de 75% de Delta (B.1.617.2) e 25% de Gamma (P.1, P.1.2 e P.1.9).
Com o objetivo de confirmar os dados obtidos, as sequências foram alinhadas com genomas completos de SARS-CoV-2 de diferentes variantes, por meio da plataforma on-line NextClade. A árvore filogenética foi inferida, confirmando os dados prévios.
O pesquisador Fernando Spilki, pró-reitor de Pesquisa, Pós-graduação e Extensão da Feevale e coordenador da Rede Corona-ômica, diz que o constante acompanhamento de genomas, assim como a entrada e distribuição de novas linhagens, são de especial relevância, considerando o impacto causado por linhagens como B.1.1.7 (Alpha), B.1.351 (Beta), P.1 e B.1.617.2 (Delta) no Reino Unido, na África do Sul, no Brasil e na Índia, respectivamente.
Dados são opostos a levantamento anterior
Todos os resultados estão sendo disponibilizados em bases de dados públicos nacionais (Corona-ômica.BR-MCTI) e internacionais (Gisaid), com posterior submissão do trabalho ao periódico científico. Fernando Spilki pontua que, no sequenciamento anterior, realizado em julho, as frequências das linhagens Gamma e Delta foram opostas às encontradas agora: 75% caracterizadas como Gamma (20J, V3) e 25% como Delta (21A). “Esse acompanhamento epidemiológico permitiu observar a entrada da variante Delta no Estado”, afirma.
Segundo o pesquisador, a Delta continua avançando, mas os números podem ser influenciados por surtos locais da variante Gamma. “É o que percebemos quando comparamos os dados de materiais da Região Metropolitana, onde ainda tivemos um contingente significativo de casos de Gamma, com as amostras coletadas no Vale do Rio Pardo, em parceria com a Universidade de Santa Cruz do Sul (Unisc), onde a Delta estava presente em oito das nove amostras”, conclui.
Distribuição das linhagens de SARS-CoV-2 sequenciadas pelo Laboratório de Microbiologia Molecular da Universidade Feevale entre janeiro e setembro de 2021:
